Analyse des séquences macromoléculaires
- Cours (CM) 16h
- Cours intégrés (CI) -
- Travaux dirigés (TD) 12h
- Travaux pratiques (TP) -
- Travail étudiant (TE) 3h
Langue de l'enseignement : Français
Enseignement proposé en : en présence
Description du contenu de l'enseignement
Description générale
L’enseignement est consacré aux ressources et outils de de base utilisés dans l’analyse d’une famille de gènes ou de protéines. Il présente la structuration de l'information biologique ainsi que les méthodes et programmes incontournables en analyse de séquences. Une large place est accordée à la pratique en salle de ressources informatiques. Les étudiants sont amenés à choisir une ressource adaptée à une question biologique, à mesurer les limites des outils utilisés et à interpréter les résultats en mobilisant des connaissances pluri-disciplinaires.
Contenu détaillé
- Banques de données biologiques : présentation des principales banques de séquences et banques apparentées, structuration de l'information biologique, ontologie
- Comparaison de 2 séquences : similarité et homologie, systèmes de score, matrice de points, alignements optimaux de 2 séquences, recherches de similarité (BLAST, BLAT)
- Alignement multiple : principaux algorithmes et programmes couramment utilisés, qualité d’un alignement, applications de l’alignement multiple, motifs et profils
- Phylogénie moléculaire : terminologie, exemples d'applications de la phylogénie, méthodes de construction d’arbres, estimation de la robustesse d’un arbre, outils et ressources web.
L’enseignement est consacré aux ressources et outils de de base utilisés dans l’analyse d’une famille de gènes ou de protéines. Il présente la structuration de l'information biologique ainsi que les méthodes et programmes incontournables en analyse de séquences. Une large place est accordée à la pratique en salle de ressources informatiques. Les étudiants sont amenés à choisir une ressource adaptée à une question biologique, à mesurer les limites des outils utilisés et à interpréter les résultats en mobilisant des connaissances pluri-disciplinaires.
Contenu détaillé
- Banques de données biologiques : présentation des principales banques de séquences et banques apparentées, structuration de l'information biologique, ontologie
- Comparaison de 2 séquences : similarité et homologie, systèmes de score, matrice de points, alignements optimaux de 2 séquences, recherches de similarité (BLAST, BLAT)
- Alignement multiple : principaux algorithmes et programmes couramment utilisés, qualité d’un alignement, applications de l’alignement multiple, motifs et profils
- Phylogénie moléculaire : terminologie, exemples d'applications de la phylogénie, méthodes de construction d’arbres, estimation de la robustesse d’un arbre, outils et ressources web.
Compétences à acquérir
- Comprendre la structuration de l’information biologique et être capable d’accéder à une information pertinente
- Comprendre les algorithmes majeurs utilisés en comparaison de séquences et être capable de choisir un outil adapté à une question biologique
- Maîtriser les outils et ressources bioinformatiques de base
- Etre capable d'interpréter un alignement multiple, un arbre phylogénétique et les résultats d'une recherche de similarité
- Mettre en œuvre des connaissances et approches pluridisciplinaires
- Comprendre les algorithmes majeurs utilisés en comparaison de séquences et être capable de choisir un outil adapté à une question biologique
- Maîtriser les outils et ressources bioinformatiques de base
- Etre capable d'interpréter un alignement multiple, un arbre phylogénétique et les résultats d'une recherche de similarité
- Mettre en œuvre des connaissances et approches pluridisciplinaires
Bibliographie, lectures recommandées
- Supports de cours en anglais et français sur la plateforme moodle
- The NCBI Handbook. McEntyre J, Ostell J, editors. NCBI (accessible librement sur internet)
- Articles de revue mis à disposition des étudiants sur la plateforme moodle
- Bioinformatics and functional genomics, J. Pevsner (John Wiley and Sons, 2015) ISBN: 978-1-118-58178-0
- The NCBI Handbook. McEntyre J, Ostell J, editors. NCBI (accessible librement sur internet)
- Articles de revue mis à disposition des étudiants sur la plateforme moodle
- Bioinformatics and functional genomics, J. Pevsner (John Wiley and Sons, 2015) ISBN: 978-1-118-58178-0
Contact
Responsable
Odile Lecompte
