Chemoinformatics 3
- Cours (CM) 16h
- Cours intégrés (CI) -
- Travaux dirigés (TD) 8h
- Travaux pratiques (TP) -
- Travail étudiant (TE) -
Langue de l'enseignement : Anglais
Description du contenu de l'enseignement
Méthodes d’apprentissage automatique. Similarité et diversité de molécules. Chimie combinatoire théorique. Notion de l’espace chimique
- Concept de l’espace chimique. Arbres de châssis moléculaires. Paires moléculaires correspondantes
- Méthodes de visualisation et d’analyse de données chimiques : cartes de Kohonen, cartes topographiques génératrices.
- Criblage virtuel. Filtres (les règles de Lipinski et autres) et alertes structurales. Docking d’un ligand dans une protéine. Fonctions de score. Evaluation des performances d’un criblage.
- Préparation de chimiothèques. Méthodes d’analyse de groupements d'objets chimiques : clustering hiérarchique et non-hiérarchique. Génération de chimiothèques combinatoires. Chimiothèques "ciblées" et "diversifiées".
- Travaux pratiques avec les logiciels ISIDA-GTM et LigandScout.
Compétences à acquérir
- Analyser un jeu de données chimiques à l’aide des méthodes « Arbres de châssis moléculaires » et « Paires moléculaires correspondants ».
- Visualiser l’espace chimique d’un jeu de molécules en utilisant les cartes SOM ou GTM.
- Effectuer un criblage virtuel en utilisant les filtres, les pharmacophores, le docking.
- Préparer une chimiothèque ciblée ou diversifiée.
Contact
Faculté de chimie
1, rue Blaise Pascal - BP 2029667008 STRASBOURG CEDEX
0368851672
Formulaire de contact
Responsable
Alexandre Varnek
