Chemoinformatics 1
- Cours (CM) 16h
- Cours intégrés (CI) -
- Travaux dirigés (TD) 8h
- Travaux pratiques (TP) -
- Travail étudiant (TE) -
Langue de l'enseignement : Anglais
Description du contenu de l'enseignement
Représentation de structures par ordinateur. Bases de données en chimie.
- Eléments de base de théorie de graphes. Tables de connexion et présentation linéaires.
- Chaînes SMILES et InChi. Empreintes moléculaires. Pharmacophores.
- Formats MOL, SDF, RXN et RDF
- Recherche structurale et sous-structurale. Analyse conformationnelle.
- Critères de similarité de Tanimoto, de Dice et de Tvetsky. Recherche par similarité simple et par une fusion de données
- Bases de données populaires : CAS (SciFinder), Reaxys, ChEMBL, PubChem, ZINC, ChemSpider
- Outils de ChemAxon pour analyser et manipuler de données chimiques et pour créer une base de données chimiques.
- Travaux pratiques avec les logiciels Marvin, Standardizer et InstantJChem (ChemAxon).
Compétences à acquérir
- Créer et/ou de gérer des bases de données chimiques.
- Rechercher des structures dans une base de données en combinant différents types de requêtes(par structure/sous-structure/similarité entre autres).
Contact
Faculté de chimie
1, rue Blaise Pascal - BP 2029667008 STRASBOURG CEDEX
0368851672
Formulaire de contact
Responsable
Alexandre Varnek
